自1930年代開始，疫苗就含有硫柳汞(thimerosal)這種成分，因為它帶有乙基，所以又被稱為乙基汞。這種物質的作用是讓疫苗不容易變質，算是一種保存劑。1999年，美國食品藥物檢驗局開始注意疫苗所含有的微量汞，於是做了些調查。他們發現雖然汞的安全攝取量有著明文規定，但那是針對環境中常見的甲基汞，而非乙基汞。事實上，乙基汞在人體的的排出速度較快，所以不太可能累積致病。
1999年6月美國食品藥物檢驗局、美國兒科醫學會、美國疾病管制中心等機構共同開會討論這個問題，他們發現小孩從海產類食物就會攝取相當量的汞，但並無任何科學證據顯示食品或疫苗的汞對人體有害。只是這些權威機構卻同時建議藥廠以後製造疫苗儘量不要使用硫柳汞，而用其他物質取代。此舉令人困惑，一般人不瞭解為何宣稱安全的物質卻又被建議儘量不用。
但是，對於疫苗不當疑慮的傷害已經造成。百分之十的美國醫院曾經因此停止為新生兒注射B型肝炎疫苗，有位三個月嬰兒因此罹患猛爆性肝炎而死亡。雖然自閉症的發生與汞無關，但有人還是為自閉症兒童注射排汞藥物，結果有位美國兒童因為藥物導致心律不整而亡。
後來，2004年兩個英國的研究都發現含汞疫苗不會對兒童有害。近年由美國CDC及哈佛大學、史丹佛大學等，共同進行的更大型研究，針對1047名7-10歲兒童做42項神經心理指標的評估，也發現這些疫苗對於神經系統並沒有影響。此篇研究於九月底(上週出刊)刊登在頂級的新英格蘭雜誌上，代表醫學界對於含汞疫苗安全性的認可。
新英格蘭雜誌同期刊出的評論沈痛地指出，疫苗含汞事件被激烈地情緒化誇大，並被少數政客利用作為政治議題，導致無辜者受到傷害。在美國，這已是一個政治及司法的問題而不單純醫療專業的議題，台灣不應隨之起鬨。美國必須正視每年有近百名兒童死於流感的事實，不應排斥含汞的流感疫苗。評論中也質疑當初要求疫苗停止使用硫柳汞的建議，這種將理論上的顧慮公布大眾的作法，會引致困惑與更多傷害。
基於保護兒童與所有大眾的立場，台灣兒科醫學會呼籲大眾必須認識疫苗的安全性。我們所處的環境裡到處都有微量的重金屬，只要不攝取過量，對於人體都沒有影響。台灣的流感季節又將到來，每年都會有許多兒童因流感而罹患肺炎、腦炎，甚至死亡。疫苗含汞的爭議為時已久，但所有醫護人員在此時此刻，都會伸出手臂接種流感疫苗，民眾必須相信專業人員不會拿自己的健康開玩笑。按照規定接種流感疫苗，才是民眾健康最大的保障。
相信含微量汞流感疫苗的安全性 保障台灣兒童健康 (台灣兒科醫學會)
台灣兒科醫學會呼籲： 相信含微量汞流感疫苗的安全性 保障台灣兒童健康
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